La década del ’90, vio a Central en una fuerte crisis económica y deportiva. Si bien fue animador de los antiguos Torneos de Interior, y participa en las dos primeras ediciones del Torneo Argentino A, en 1997 toca fondo al descender a la cuarta categoría.

En el Torneo del Interior 1992-93, el equipo cae en la segunda fase. Luego de liderar el Grupo D (compartido con Talleres de Perico y Atlético El Carmen), queda tercero en el Grupo 1 de la Segunda Ronda, tras perder por «escritorio» los puntos jugados ante Juventud Antoniana. Si bien el «cuervo» ganó el partido 1 a 0, las posteriores agresiones al juez de línea Hector Paz, hicieron que el Consejo Federal le otorgue a la clasificación a Juventud. La Segunda Ronda, fue también la máxima instancia alcanzada por central en las siguientes dos ediciones (1993-94 y 1994-95).

En la temporada 1995-96, se crea el Torneo Argentino A. Central obtiene la invitación para participar de la primera edición, junto con otros 31 clubes. Luego de una campaña discreta, logra salvarse del descenso en la Zona Permanencia. Sin embargo, en la siguiente edición desciende al Argentino B.

Este torneo se transformaría en una especie de pesadilla para el cuervo, quien se queda al borde del ascenso en las instancias finales de las ediciones de 1998-99, 2000-01, y 2001-02. En el ’99, el equipo cae en el cuadrangular final ante Racing de Córdoba, equipo que posteriormente ascendió. En el 01′, tras ir perdiendo 2-1 con Sarmiento de Chaco, se iniciaron altercados que obligaron a suspender el partido. Esto produjo la inhabilitación, y posterior abandono por parte del club, del Estadio Dr. Luis Güemes. En el ’02, logra ascender Talleres de Perico, equipo con el surge una fuerte rivalidad debido a la constantes agresiones que se producen en las hinchadas de ambos equipos.

En la edición del 2003, Central lidera el Grupo 6 (compartido con Sportivo Rivadavia, Lavalle, y San Martin); y tras eliminar a Altos Hornos Zapla y Atlético Ledesma; es derrotado por Concepción FC en los Cuartos de Final. En la siguiente edición se crea el Torneo Argentino C, motivo por el cual el Argentino B obtiene cupos fijos y disminuye considerablemente la cantidad de sus participantes. Como sucedió en 1995, Central es invitado a participar debido a su gran convocatoria. Queda tercero de la Zona E, no logrando clasificar a la Fase Final.

Recién en 2006, Central logra el tan ansiado ascenso. Clasificando como primero de la fase de grupos del Torneo Clausura, el cuervo se debió medir contra Villa Atuel de Mendoza, y con Deportivo Maipú; quien se perfilaba como serio candidato para ganar el certamen. Elimina a los mendocinos, y de esta manera, clasifica a la final, instancia en la que se enfrentó con Alumni de Villa María.

En dos duros encuentros que terminaron con empate en cero, la serie se debió definir desde el punto de penal. Central Norte lograría la victoria por 5 a 3, y desataría la euforia de los casi tres mil simpatizantes cuervos que viajaron a Córdoba, los cuales dieron la vuelta olímpica en conjunto con el plantel ante los sentidos aplausos de la parcialidad local.

Ese equipo de Central era comandado por el tigre Miguel Amaya, y estaba conformado en su gran mayoría por jugadores del ámbito local. Mariano Maino, Normand Juárez, José Luis Perales, Martin Martos, Nelson Marín, Raúl Contreras, y Marco Morínigo, entre otros, conformaban el plantel.

En el Torneo Argentino A de 2006-07, el azabache no logra mantener la categoría. Termina descendiendo en la última fecha, tras una dura pelea en los promedios con Talleres de Perico. Posteriormente; Central fue protagonista en el Torneo Argentino B 2007-08, llegando hasta las etapas finales del mismo pero no logrando el ascenso; y en el Argentino B 2008-09, tuvo que disputar un triangular para no jugar la promoción de descenso al Torneo Argentino C.

Sin embargo, en la siguiente temporada, el equipo se renueva y logra consagrarse campeón de forma categórica. Central Norte disputó en total 38 partidos, de los cuales sumó 76 puntos con 61 goles a favor y tan solo 25 en contra. Superó con amplia margen, la fase clasificatoria del Torneo Clausura. En los play-offs venció a Juventud Unida de Gualeguaychú, y a Sportivo Patria de Formosa, llegando así al Pentagonal Final. Dicha instancia la compartió con Gimnasia y Tiro, Unión de Villa Krause, General Paz Juniors, y Guaraní Antonio Franco.

El 2 de junio del año 2010, en la última fecha del Pentagonal Final, Central vence a Guaraní por 3 a 0 de visitante, con dos goles del iguana Zerrizuela y uno del sacha Magno, obteniendo así el pase directo al Torneo Argentino A. Mariano Maino, Carlos Fretes, José Luis Perales, Tomás Armella, Raúl Zelaya, Mario Campos, Matías Ceballos, Sergio Oga, Diego Magno, Marcelo Zerrizuela, y el gaucho Fernando Robles, entre otros, fueron los grandes artífices del ascenso.

Posteriormente se consolidó un sólido equipo, reteniendo la base y reforzando algunos puestos claves. Es así que, en la temporada 2010/11 del Torneo Argentino A, el cuervo logra una destacada campaña, en la cual se le escapa el ascenso en la última fecha del torneo. Liderando la primera fase con 45 puntos, producto de 12 victorias y 9 empates; logra clasificar al Nonagonal Final; instancia en la que queda segundo a tres puntos del ascendido Guillermo Brown. En las eliminatorias por el segundo ascenso, (después de eliminar a Huracán de Tres Arroyos, y a Racing de Córdoba) el equipo es derrotado por Sportivo Desamparados en semifinales. En esa misma temporada, se vuelve a disputar la Copa Argentina, competición en la que es eliminado en los Treintaidosavos de final ante Olimpo, luego de vencer a Talleres de Perico, y Gimnasia y Tiro.